سیستم آنزیمی درونی گندم نقش عمده ای در صنعت نانوایی دارد.دانه گندم به تبع آرد گندم دارای دامنه وسیعی از فعالیت های آنزیمی است.فعالیت آنزیم های گندم بسته به شرایط محیطی برای مثال شرایط رشد،برداشت یا ذخیره سازی متغیر است.فعالیت بیش از حد آنزیم ها موجب عدم مطلوبیت گندم جهت مصارف نانوایی شده و نیز فعالیت بسیار کم آنزیم ها منجر به تولید فرآوروهایی با کیفیت پایین می شود. شدت فعالیت آنزیم ها در همه جای دانه یکسان نیست .به طور کلی آندوسپرم دانه دارای کمترین فعالیت آنزیمی است و با افزایش درجه استخراج و اضافه شدن لایه آلورون،جوانه و پوسته به آرد فعالیت آنزیمی آن زیادتر می شود.
آلفا و بتا امیلاز از مهم ترین آنزیم های تجزیه کننده نشاسته در گندم و آرد بوده و عمدتا در جوانه قرار دارند.مقدار آلفا آمیلاز در گندم به ویژه در مناطق آب و هوای خشک کم است که در حین جوانه زنی دانه زیاد می گردد. آلفا آمیلاز غلات نارس حساسیت بیشتری نسبت به حرارت در مقایسه با آلفا آمیلاز غلات جوانه زده دارد. مقدار آلفا آمیلاز در غلات به وضعیت طبیعی کاریوپسیس یعنی رسیده بودن، در حال استراحت و یا جوانه زدن وابسته است .در شرایط مرطوب ممکن است غلظت آلفا آمیلازی در حال استراحت دانه ،بدون تغییر در وضعیت ظاهری دانه افزایش می یابد.در اثر فعالیت زیاد آلفا آمیلازی آرد قندهای زیادی تشکیل شده که منجر به تیره تر شدن رنگ و سطح غیر یکنواخت نان شده و تردی و پوکی خود را از دست می دهد.در مقابل در اثر فعالیت پایین به علت تولید مقدار کم قندهای قابل تخمیر، رنگ نان حاصل قهوه ای کم رنگ ،سطح آن چروکیده،حجم نان کم و پوسته آن سخت و شکننده می گردد.اکثر آردهای گندم ایران از نظر فعالیت آلفا آمیلازی در سطح پایین می باشند.همچنین در طی جوانه زنی آنزیم های دیگری دچار تغییرات می شوند که لیپاز و لیپوکسیژناز به دلیل تاثیرشان روی چربی ها نیز مورد توجه بودند.حداکثر تراکم آنزیم لیپاز در سلول های آلورون و جوانه است.فعالیت لیپاز ها بستگی به مراحل مختلف رسیدن دانه و میزان رطوبت دارد.مثلا در گندم با رطوبت ۱۵ درصد نسبت به زمانی که رطوبت گندم ۸ درصد باشد میزان فعالیت این آنزیم ۵ برابر بیشتر است.در آرد و فرآورده های آردی تجزیه چربی سریعتر از دانه غلات صورت می گیرد.به همین دلیل قابلیت نگه داری آنها در مقایسه با غلات کم بوده به میزان لیپید و شرایط نگه داری بستگی دارد. علت بالا بودن مقدار لیپاز در هنکام جوانه زنی را می توان در اثر دو عامل اصلی یکی با لا بودن فعالیت لیپاز و دوم شرایط مناسب فعل و انفعالات توجیه نمودهر چه دانه بیشتر رسد فعالیت لیپاز کمتر می شود . لیپواکسیژناز ها نقش بارزی در طی جوانه زنی داشته که منجر به اکسیداسیون خاص لیپید های ذخیره ای و شروع مصرف لیپیدها به عنوان منبع انرژی و کربن جهت رشد دانه می شود.لیپواکسیژنازها اسیدهای چرب را به هیدروپراکسید تبدیل کرده و در نتیجه هیدرو پراکسید قادر است گروه های تیول پروتئین را به گروه های دی سولفیدی اکسیده کند.در این صورت ساختار خمیر ثبات پیدا کرده و مقاومت خمیر را افزایش می دهد.
